STS: Методы получения

В качестве STS может использоваться любой уникальный фрагмент ДНК, при условии, что была определена его первичная структура, подобраны праймеры и условия для специфической амплификации данного фрагмента из смеси фрагментов геномной ДНК и было проведено картирование данного фрагмента, то есть как минимум установлено его местоположение относительно других маркеров.

Главной проблемой при этом является картирование полученных фрагментов ДНК. Ни один из используемых в настоящее время методов картирования не обладает достаточной производительностью для анализа тех STS, которые могли бы быть получены в результате, например, тотального случайного секвенирования геномной ДНК. Поэтому приходится решать задачу предварительного уменьшения сложности источника STS.

Эта задача может быть решена двумя способами:

можно получать STS путем тотального анализа определенных фракций геномной ДНК (например, фрагментов, содержащих микросателлиты ). При этом проводится тотальное секвенирование фрагментов, обладающих определенными признаками с последующим картированием. Обычно такие работы достаточно масштабны и требуют значительных инвестиций в инфраструктуру;

можно ограничить сложность ДНК, служащей источником STS, путем отбора фрагментов, происходящих только из определенных областей генома. В этом случае облегчается последующее картирование, но требуется значительная работа по разработке соответствующей методики.