Транскрипционные факторы с основными ДСД доменами: введение

Суперкласс транскрипционных факторов с основными ДНК- связывающими доменами ( basic domains )

Общей особенностью белков этого суперкласса является то, что они контактируют с ДНК посредством основной области. В свободном состоянии (в растворе) она имеет неупорядоченную структуру, а при связывании с ДНК переходит в конформацию альфа- спирали [ Patel L. et al., 1990 Weiss M.A. et al., 1990 , Ferre- D'Amare A.E. et al., 1993 , Ellenberger T. et al., 1994 , Anthony- Cahill S.J. et al., 1992 ].

Наиболее представленными в этом суперсемействе являются белки трех классов bZIP ( 1.1 ), bHLH ( 1.2 ) и bHLH-ZIP (1.3) 

Помимо них к этому суперклассу приписан ряд других, менее представленных классов, например, содержащих факторы типа NF-1 ( 1.4 ),  RF-X (1.5) и ряд других.

Консенсусный мотив, общий для всех основных доменов этого суперсемейства, отсутствует. Даже основные области факторов bZIP и bHLH сильно отличаются, несмотря на то, что способ их взаимодействия с ДНК очень похож: димеризационный домен , имеющий структуру альфа-спирали, обеспечивает связь между двумя субъединицами, входящими в состав транскрипционного фактора, сближая их основные области, которые при взаимодействии с ДНК переходят из неупорядоченной в альфа-спиральную конформацию (по- видимому, вследствие нейтрализации положительных зарядов боковых групп основных районов при взаимодействии с сахаро-фосфатным остовом ДНК).

В настоящее время отсутствует информация о трехмерной структуре ДСД транскрипционных факторов классов NF-1 ( 1.4 ), RF-X ( 1.5 ), СР1 ( 1.6 ), СР2 ( 1.7 ), а также ТФ, содержащих домены холодового шока ( 1.8 ). Однако для ТФ всех этих классов характерны небольшие кластеры, состоящие из 2-4 аминокислотных остатков, несущих положительные заряды. Расстояние между такими микромотивами сильно варьирует ( рис. 1 ).