Базы данных по молекулярной биологии: введение
В настоящее время существуют сотни Web-сайтов, которые доступны для обзора и поиска данных по молекулярной биологии и другим смежным дисциплинам. Каждая из них имеет свой формат хранения данных, различную степень избыточности, взаимосвязи с родственными или аналогичными базами данных. Каждая база данных имеет также свои средства доступа к информации - различные поисковые программы, программные средства визуализации, пополнения базы. Крупнейшие хранилища первичных структур ДНК и аминокислотных последовательностей (такие, как EMBL , GenBank , DDBJ , SWISS-PROT , PIR и др.) пополняются аннотированными последовательностями непосредственно исследователями, расшифровавшими их, с помощью автоматизированной системы пополнения баз данных по сети Интернет. Многие базы данных, работающие над коллекционированием однородной информации, координируют свои усилия, осуществляя международное разделение труда, это можно проиллюстрировать примером сотрудничества трех всемирных коллекций последовательностей нуклеотидов EMBL (Европа), GenBank (США), DDBJ (Япония). Наряду с интегрированными базами данных в последнее время появилось много специализированных информационных ресурсов, они охватывают широкий спектр. Это хранилища последовательностей ДНК и кДНК, специализированные базы данных по отдельным регуляторным мотивам нуклеотидных последовательностей, базы данных по экспрессии генов, библиотеки геномов, карт, последовательностей РНК, белков, белковых мотивов, по продукции белков. Есть базы данных по протеомике, структурам белков, мутациям , метаболическим путям и регуляции, по трансгеннным организмам, анатомии, биохимии, а также по научной литературе, по существующему в этих областях исследований программному обеспечению. Есть даже база данных по базам данных, она имеет адрес: http://www.infobiogen.fr/services/dbcat. Это текстовый файл с аннотациями более чем на 400 биологических баз данных. Он содержит краткое описание назначения базы, авторов, ссылки и адреса. Для того, чтобы обеспечить ориентирование в этом обширном информационном пространстве, журнал Nucleic Acids Research каждый год первый свой номер посвящает описаниям баз данных, сделанным их авторами.
Смотрите также:
