ДНК изгибы: ТА,АТ динуклеотиды
TA динукдеотид присутствует на стыке Tn и An трактов. На стыке Tn-An последовательностей, имеющих выраженный пропеллерный угол у каждой пары комплементарных оснований, разный по знаку для An и Tn трактов, вероятно, должны происходить структурные изменения во избежании столкновения пуринов соседних пар и для сохранения целостности сахаро-фосфатного остова. Наиболее энергетически выгодным является раскрытие пограничного TA динуклеотида в малую бороздку, что соответствует изгибу оси спирали в большую бороздку (значительный положительный roll). Это определяется по данным кристаллографии и по расчетам, учитывающим наличие пропеллерного угла для комплементарной пары ( De Santis et al, 1990 ), а в остальных контекстных ситуациях конформационные параметры TA пары варьируют в пределах средних значений для В формы ( Calladine et al, 1988 ).
Для АТ, имеющиеся на стыках An и Tn трактов, получается обратная ситуация и динуклеотид имеет заметный отрицательный roll ( Cacchione et al ).
Методом ЯМР показано, что полимер poly(dA-dT)poly(dA-dT) в низких солях находится преимущественно в левосторонней В форме, в высоких солях он представляет собой смесь левосторонней и правосторонней В-формы (70% и 30%) ( Sarma et al, 1983 , Gupta et al, 1983 ). При низких конценирациях солей основной структурной едининицей является мономер, при высоких - динуклеотид, т.е. по крайней мере, в высоких концентрациях солей структурные параметры динуклеотидов АТ и ТА отличаются друг от друга ( Sarma et al, 1983 ).
Смотрите также:
