Таб III dna_b Структура Ori C
Origin AT-rich Tightly bound Sequence
dnaA protein
13 13 13 A A A A 5'
E.coli oriC |==>--==>--==>-|==|--------|==|-|==|-|==|
GATCTnTTnTTTT
12,12,11
dnaA protein
B.subtilis 16 16 16 A A A A
oriC |==>--==>--==>-|==|--------|==|-|==|-|==|
GATACCTTAnTTTTTC
14,14,15
A 13 13 pSC101 repA
pSC101 |==|---==>--==>|------------------------|
GATCTnTTnTTTT
13,11
A A 7 7 7 7 7 P1 repA
P1 |==|==|=>=>=>=>=>|----------------------|
AGATCCA/T
. 7,6,7,7,7
A A 8 8 8 8 E protein
F |==|==|-=>=>=>=>|-----------------------|
TTTTAT/GA
8,8,8,8
9 9 9 R1 repA A
R1 |--==>-==>-==>--|--------------------|==| TTTAAAnGA
9,9,9
10 10 10 pi protein A
R6K |--==>-==>-==>--|--------------------|==|
TATTnATTTT
ori gamma 9,8,10
11 11 11 lambda O protein
lambda |--==>-==>-==>--|-----------------------|
TTnTCTTTTGT
9,11,10
11 11 fi 82 O protein
fi 82 |--------==>==>-|-----------------------| TTGTCTTTTGT
11,11
6 6 6 fi 80 O protein
fi 80 |--==>--==>-==>-|-----------------------| TCTTGT
5,6,6
9 9 9 9 RK2 trfA protein
RK2 |==>-==>-==>-==>|-----------------------|
GGTTT/AAAAA
9,8,9,8
9 9 9 alfa protein
P4 |==>--==>--==>--|-----------------------|
CACTTAAAG
9,8,9
9,8,9 Для сравнение AT богатых повторов из прокариотических источников их
последовательности приведены справа. Стрелки указывают локализацию
AT-богатых повторов в каждом "ori", над ними указана длина в нп,
нуклеотидные последовательности, соответствующие стрелкам для разных
источников могут отличаться. Указаны также области связывания с белками
инициации, во многих случаях они также содержат тандемные повторы. Участки,
обозначенные буквой A, соответствуют ДНК боксу из 9 нп. Число нуклеотидных
совпадений в повторах, указанных на одной строке с консенсусом, начиная
слева на право, соответствует указанным под консенсусом цифрам. n -
неспецифический нуклеотид. Сведения использованы из обзора
Bramhill & Kornberg, 1988b
.
Смотрите также:
