CpG островки и паттерны метилирования ДНК
ДНК из соматических тканей млекопитающих метилирована в 70% всех сайтов CpG ( Ehrlich, 1982 ). Исследования по картированию ( табл. 18.3 ) показывают, что в число высокометилированных последовательностей входят сателлитные ДНК, повторяющиеся элементы, в том числе транспозоны и их инертные остатки, неповторяющаяся межгенная ДНК и экзоны генов. Среди этих категорий нуклеотидных последовательностей ДНК при метилировании, по-видимому, нет очевидного предпочтения последовательностей какого-то одного типа по сравнению с другим. CpG в сателлитных ДНК метилируются в общем в той же степени, что и CpG в перемещающихся элементах или экзонах. Таким образом, большинство последовательностей метилируются в соответствии с частотой находящихся в них динуклеотидов CpG, которая обычно отражает состав их оснований. Ключевыми исключениями из этого глобального метилирования являются островки CpG. Островки CpG были выявлены как фракция ДНК позвоночных, которая необычно часто расщепляется рестрикционными ферментами, чувствительными к метилированию ДНК ( Cooper et al., 1983 ). Клонирование этих так называемых "крохотных НраII-фрагементов" показало, что они происходят из последовательностей, обогащенных CpG и имеющих длину около 1 т.п.н., которые не метилированы в зародышевых клетках, у ранних эмбрионов и обычно также во всех соматических тканях ( Bird et al., 1985 ). Островки CpG ( рис. 18.4 ) являются поэтому исключением из "глобального" метилирования CpG, преобладающего в большей части генома млекопитающих. Ранние работы по картированию промоторов индивидуальных генов выявили районы, обогащенные GC, вблизи промоторов генов ( McKeon et al., 1982 ), и сейчас очевидно, что большинство (если не все) островки CpG маркируют промоторы и 5'-домены генов. Приблизительно 60% генов человека имеют промоторы с островками CpG.
Смотрите также:
