Туберкулез: ПДРФ (RFLP) метод штаммовой идентификации микобактерий
Наиболее изученным методом штаммовой идентификации микобактерий туберкулеза является технология, называемая полиморфизмом длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ, или RFLP в английском варианте) и которая основана на фрагментированин (рестрикции) ДНК микобактерий туберкулеза ферментом Pvu II и последующей гибридизации полученных фрагментов с определёнными специфическими последовательностями на ДНК ее повторяемого элемента IS6110 . Внутривидовая вариабельность реализуется за счет различного числа повторов IS6110 и их расположения на ДНК, а также разнообразия расстояний между определёнными точками атаки фермента рестриктазы (сайты рестрикции) и элементом IS6110. Эта технология является весьма сложной и трудоемкой. После обработки ДНК, выделенной из культуры микобактерий туберкулеза, рестриктазой проводят гельэлектрофорез, затем переносят фрагменты ДНК различной длины на нитроцеллюлозную мембрану, проводят гибридизацию с фрагментами IS6110- элемента и выявляют результаты с помощью ферментативной реакции. Получаемый специфический рисунок полос характеризует ДНК конкретного штамма микобактерий туберкулеза. С помощью компьютерного анализа выясняется идентичность или родственность штаммов. Несмотря на то что метод ПДРФ является наиболее дискриминативным, т.е. выявляет наибольшее число различий в анализируемых штаммах, он малоэффективен при малом числе (менее 5) IS6110-повторов, наблюдаемых в некоторых штаммах.
На рис. 13-14 представлены результаты ПДРФ-типирования штаммов.
Смотрите также:
