ДНК участок начала репликации (oriC) бактерий
Хромосома E. coli содержит единственную область начала репликации (origin), названную oriC , на которой происходит инициация репликации ( рис. I.47,а ). Размер минимальной области начала репликации, обеспечивающей автономную репликацию хромосомы, составляет 258 п.о. Сравнение первичных структур областей начала репликации различных энтеробактерий показало, что их последовательности представлены короткими консервативными участками, которые перемежаются дивергировавшими сегментами ДНК, длины которых, однако, высококонсервативны.
Консервативные участки оказались сайтами связывания регуляторных белков, разделенных спейсерными последовательностями. OriC содержит пять консенсусных 9- нуклеотидных сайтов связывания инициатора DnaA (непалиндромные повторы), названных DnaA-боксами . У всех энтеробактерий области начала репликации содержат 9-14 сайтов GATC, положение восьми из которых консервативно.
В левой части oriC находится AT-богатая область, содержащая три похожих последовательности длиной в 13 нуклеотидов, каждая из которых начинается с GATC. Здесь же локализован AT-кластер, который вместе с левой 13-нуклеотидной последовательностью образует область нестабильной спирали ДНК ( ДНК-расплетающий элемент ). Этот участок ДНК может быть заменен без потери функции на аналогичный по нуклеотидному составу, но с другой последовательностью нуклеотидов.
OriC содержит сайты связывания белков, изгибающих ДНК, IHF (integration host factor) и FIS (factor for inversion stimulation). Оба белка, по-видимому, помогают инициатору DnaA раскручивать ДНК.
Димерный белок IciA, состоящий из субъединиц с молекулярной массой 33 кДа, специфически связывается с AT- богатыми 13-мерными повторами. Функция этого белка неизвестна, так же как и функция белка Rob, который специфически взаимодействует с 26-нуклеотидным сайтом в правой части DnaA- бокса R4. ДНК вблизи Rob-сайта обнаруживает изгиб, который более ярко выражен у молекул, полностью метилированных Dam- метилтрансферазой. С такими полностью метилированными ДНК взаимодействует гистоноподобный белок H-NS, сайт связывания которого перекрывается с Rob-сайтом, что влияет на функционирование oriC.
Смотрите также:
