Рестрикционно-ориентированное геномное сканирование RLGS
RLGC (restriction landmark genomic scanning) позволяет одновременно анализировать статус метилирования в геноме нескольких тысяч CpG-островков [ Eng, ea 2000 , Costello, ea 2000 ]. Суть его заключается в разделении двумерным электрофорезом рестрикционных фрагментов, полученных обработкой геномной ДНК несколькими рестриктазами. Вначале ДНК обрабатывают крупнощепящей рестриктазой NotI (расщепляет только неметилированные CpG). Посте мечения концов полученных отрезков радиоактивной меткой фрагменты обрабатывают вторым ферментом (например, EcoRV) для уменьшения их размеров и продукты гидролиза разделяют в первом направлении (в капиллярной трубке с агарозным гелем). Разделенные фрагменты NotI/EcoRV обрабатывают in situ (т.е. в геле) еще одним ферментом (например, HinfI), после чего проводят электрофорез в полиакриламидном геле во втором направлении. Пластину геля авторадиографируют и в результате выявляют множество пятен, по интенсивности которых судят о степени метилирования соответствующего CpG-островка (положение пятен строго определено). Интенсивность пятна, принятая за нормальную, свидетельствует о неметилированном статусе обоих аллелей, наполовину сниженная - о метилировании одного из аллелей, исчезновение пятна - о метилировании обоих аллелей (соответствующий сайт не расщепляется NotI).
Смотрите также:
