Микоплазмы: анализ генов рРНК как основа систематики: недостатки
Несмотря на очевидные достоинства подхода, основанного на реконструкции филогенетических отношений только на основе структуры генов рРНК, рассматриваются и его недостатки ( Hasegawa, Hashimoto, 1993 ).
Благодаря тому, что гены рРНК присутствуют в геномах, как правило, в нескольких копиях, существует вероятность сопоставления паралогичных, а не ортологичных генов. Близость видов, ДНК которых отличается близким GC-составом, может быть переоценена вследствие особенностей структуры генов рРНК ( Viale et al., 1994 ). Высокий консерватизм последовательностей генов рРНК, который позволяет успешно использовать их для установления филогенетических связей между различными классами микроорганизмов, представляется чрезмерным для выяснения эволюционных отношений между видами и семействами внутри класса Mollicutes. Систему, создаваемую по результатам изучения всего одного гена, пусть даже филогенетически весьма информативного, нельзя считать надежной ( Антонов, 1999 ).
Даже если реконструированное древо в целом корректно отражает эволюцию генов рРНК, оно может не соответствовать эволюции собственно видов. Горизонтальный перенос может привести к тому, что геномы некоторых видов будут иметь мозаичную эволюционную историю.
Для лучшего понимания истории целых геномов необходимо сопоставлять эволюционные древа, основанные на разных генах.
Смотрите также:
