Локализация генов внутри изохор
В геноме человека и других теплокровных в изохорах посредством гибридизации с соответствующими пробами был локализован целый ряд генов ( Bernardi et al, 1985 ). Эти исследования подтвердили неслучайность распределения генов по геному, причем большинство из них располагается в самой тяжелой из компонент (H 3), в состав которой входит всего 3%-5% генома.
В большинстве случаев ген входит во фрагмент ДНК, имеющий сходное с ним GC-содержание . Данный факт является независимым доказательством существования изохор и их огромных размеров. Действительно, поскольку фрагменты ДНК, используемые при исследовании, были получены случайной деградацией, точный состав фрагментов, содержащих гены, демонстрирует, что они очень гомогенны в нуклеотидном содержании на дистанции примерно в два раза превышающей длину самих фрагментов (т.е. на длине около 200 kb).
Анализ последовательностей ДНК выявил позитивную корреляцию между уровнем GC-содержания в генах, экзонах, интронах и уровнем в больших участках ДНК, в которые они входят ( Bernardi and Bernardi, 1985 ; Bernardi et al, 1985 ; Ikemura, 1985 ; Aota and Ikemura, 1986 ). В качестве примера можно привести альфа - и бета - глобиновые кластеры человека. Бета - и бета - подобные глобиновые гены имеют низкое GC-содержание и включены в участок с низким GC-содержанием. Альфа - и альфа - подобные глобиновые гены, с другой стороны, GC-богаты и входят в GC-богатый участок. Сходная картина наблюдается у мыши, кролика и козла. У цыпленка как альфа-, так и бета - глобиновые гены GC-богаты и входят в такие же участки. У Xenopus laevis наоборот, все эти гены GC-бедны и включены в соответствующий участок.
Во многих случаях GC-содержание в кодирующих районах оказывается выше, чем во фланкирующих. Можно также отметить, что GC-уровень по третьим позициям кодонов выше, чем в интронах, а наименьшее GC-содержание наблюдается в 5'- и 3'-фланкирующих участках ( Aota, Ikemura, 1986 ).
Смотрите также:
