Филогенетические деревья: оценка длин ребер


Используя матрицу расстояний и топологию дерева, полученную с помощью какого-либо метода кластеризации, можно рассчитать длины ветвей по методу Фитча-Марголиша, изложенного в статье Стадира и Кепплера ( Studier J.,Keppler K.J.1988 ). Используя обозначения, введенные при описании Neighbor-Joining метода, длины ветвей между таксонами i и j и их ближайшим предком u можно записать как:

                        1
                D   = ────── [(N-2)D  
+ R  - R ]
                 iu   2(N-2)        ij    i    j

                        1
                D   = ────── [(N-2)D  
+ R  - R ]
                 ju   2(N-2)        ij    j    i

Длины ветвей рассчитываются, таким образом, независимо от способа кластеризации.

Смотрите также:

  • ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЕ ДЕРЕВЬЯ: МЕТОДЫ РЕКОНСТРУКЦИИ