Филогенетические деревья: оценка длин ребер
Используя матрицу расстояний и топологию дерева, полученную с помощью какого-либо метода кластеризации, можно рассчитать длины ветвей по методу Фитча-Марголиша, изложенного в статье Стадира и Кепплера ( Studier J.,Keppler K.J.1988 ). Используя обозначения, введенные при описании Neighbor-Joining метода, длины ветвей между таксонами i и j и их ближайшим предком u можно записать как:
1
D = ────── [(N-2)D
+ R - R ]
iu 2(N-2) ij i j
1
D = ────── [(N-2)D
+ R - R ]
ju 2(N-2) ij j i
Длины ветвей рассчитываются, таким образом, независимо от способа кластеризации.
Смотрите также:
