Точечная матрица гомологии (ТМГ, дот-матрица)
Если последовательности близки друг другу и содержат относительно небольшое число делеций то выравнивание может быть получено с помошью карт точечной гомологии или дот-матриц. При этом на графическом устройстве вывода одна последовательность располагается горизонтально, а другая вертикально и на плоскость наносятся точки если в строке и колонке в данной позиции стоит один и тот же символ. Если две последовательности идентичны, то вы увидите сплошную диагональ из точек. В зависимости от сходства последовательностей диагональный элемент будет выражен сильнее или слабее. Делеции видны по сдвигу частей диагонали вправо или влево.
Так для двух последовательностей
A T G C G T C A A G G T A A T G C T A T G C G T C - - G G T A A T G C Tупрощенная дот-матрица будет выглядеть следующим образом:
Однако ясно, что при длине последовательности превышающей разрешение графического устройства в несколько раз вся картинка будет полностью зарисована точками. Для того чтобы этого не происходило, а также для большей четкости картинки, применяют разнообразные фильтры. Например, последовательности разбиваются на под-слова длинны n и точка в позиции i,j ставится только тогда, когда в двух под-словах начинающихся в позициях i и j соответвственно совпадает не менее k символов. Так при n=3 и k=2 предыдущий рисунок будет выглядеть следующим образом:
Существуют и другие, более тонкие системы фильтров для дот-матриц. См. Многомерная дот-матрица
Смотрите также:
