Прогулка по хромосоме (chromosome walking)
«Прогулка» по хромосоме (chromosome walking) [греч. chroma — цвет, окраска и soma — тело] — метод анализа протяженных нуклеотидных последовательностей вокруг секвенированных участков генома с использованием «блуждающих» праймеров (см. Праймер-опосредованная прогулка), который заключается в последовательном отборе клонов, содержащих частично перекрывающиеся фрагменты ДНК из определенного района генома. На первом этапе проводят скрининг библиотеки генов с помощью маркерной ДНК, сцепленной с определенным геном. После нахождения положительных клонов последние сами служат зондами для изоляции других клонов, содержащих перекрывающиеся нуклеотидные последовательности ДНК. Т. обр., каждый раз отобранный фрагмент используется в качестве скринирующего ДНК-зонда для последующего поиска. В результате получают набор клонированных фрагментов ДНК, полностью перекрывающих область поиска гена. Группа подобных клонов носит название «контигов» (см. Контиг). С помощью физического картирования инсерционных ДНК в разных клонах удается точно установить степень перекрывания между соседними фрагментами и соответственно упорядочить положение клонов в контигах. В результате «П.»п.х. с помощью перекрывающихся нуклеотидных последовательностей анализируются неизвестные протяженные участки генома, прилегающие друг к другу. Одним из вариантов метода «П».п.х. является метод «прыжков по хромосоме» (см. Прыжки по хромосоме). Метод «П.»п.х. был предложен В. Бендером, П. Спирером и Д. Хогнессом в 1979 г.
Смотрите также:
