Биочипы для типирования вируса гриппа A

Сотрудниками ГУ НИИ вирусологии им. Д.И.Ивановского РАМН совместно с сотрудниками Института молекулярной биологии им. Энгельгардта РАН был разработан олигонуклеотидный микрочип (биочип) с трехмерными гелевыми элементами для типирования вируса гриппа A . Данный микрочип позволяет идентифицировать 15 подтипов гена гемагглютинина (НА) и 2 подтипа гена нейраминидазы (NA) вируса гриппа A в течение 12 ч. Биочип состоит из 47 гелевых элементов (ячеек). В 41 ячейке иммобилизованы индивидуальные олигонуклеотидные зонды; 6 ячеек являются контрольными ( рис. 2.51 ). Гелевые элементы, содержащие олигонуклеотиды, объединены в группы, служащие для определения одного подтипа (обведены прямоугольной рамкой). В рядах B-G сосредоточены группы олигонуклеотидов для типирования 15 подтипов гемагглютинина, а в рядах Н и I - первого и второго подтипов нейраминидазы. Гелевые элементы A1, J1, J7 содержат флюоресцентный маркер для автоматической обработки гибридизационной картины, выполняемой программным обеспечением. Ячейки F4-F6 не содержат олигонуклеотидов и служат в качестве отрицательного контроля гибридизации.

Для оценки эффективности разработанной методики были проанализированы образцы РНК, выделенные из референтных штаммов вируса гриппа A различных подтипов. Результаты анализа во всех случаях полностью совпали с данными определения вирусного подтипа традиционными иммунологическими методами. Также был про веден анализ образцов РНК, выделенных из суспензии внутренних органов диких и домашних птиц, погибших в период эпизоотии, в т.ч. и в Новосибирской области в июле 2005 г. Анализ на 1 микрочипе равен постановке 17 реакций ПЦР, время анализа образца на биочипе занимает 6-10 ч. Такая техника резко сокращает сроки проведения анализа и дает возможность осуществления диагностики на индивидуальном уровне. Диагностическая чувствительность микрочипов равна чувствительности обычной одностадийной ПЦР. Методика микрочипов позволяет быстро и технологично типировать вирус гриппа A различных подтипов после предварительного культивирования (вирус может быть культивирован как на куриных эмбрионах, так и в культуре клеток MDCK) или без него только в период эпизоотии. Хорошие результаты показал разработанный анализ при работе с носоглоточными смывами от людей, в них можно определять тип вируса гриппа A без предварительного культивирования, что является перспективным лабораторным методом медицинской диагностики.