Проект "Геном человека": Россия: Проект 3 хромосомы
Для создания карты распределения NotI сайтов на хромосоме 3 были получены "связывающая" и "прыгающая" библиотеки. Причем для облегчения процедуры клонирования авторы разработали серию новых дифазмидных векторов, содержащих ориджины репликации фагов ( и M13 и плазмидный ColE1 ориджин [ Zabarovsky E.R. e. a., 1993 ]. К достоинствам этих векторов относится то, что они позволяют клонировать фрагменты размером от 0,2 до 23,4 кб; наличие ориджинов репликации M13 и ColE1 позволяет легко получать клонированные фрагменты в виде плазмиды или одноцепочечного фага, облегчая таким образом секвенирование. Авторами была разработана также оригинальная методика получения "связывающих" и "прыгающих" библиотек, не требующая использование дополнительных маркерных последовательностей, обеспечивающих процесс селекции [ Zabarovsky E.R. e. a., 1991 , Zabarovsky E.R. e. a., 1990 ]. Суть этого подхода заключается в том, что после циркуляризации проводят частичное заполнение "липких" концов для того, чтобы сделать невозможной последующее их клонирование, так как только концы фрагментов, полученных после рестрикции циркуляризованного материала будут комплементарны вектору (см. рис. 1. .).
В последующем авторами была разработана другая схема получения "связывающих" библиотек, базирующаяся на Alu-PCR геномной ДНК гибридных клеток, содержащих только одну человеческую хромосому [ Zabarovsky E.R. e. a., 1993a ]. Это позволяет существенно уменьшить сложность продуктов Alu-PCR (в 10-100 раз), облегчая задачу получения представительных библиотек.
В настоящее время проводится секвенирование и анализ полученных клонов с целью определения порядка расположения рестриктных сайтов на хромосоме 3 человека. К настоящему времени авторы представили 27 сиквенсов в международную базу данных нуклеотидных последовательностей.
Смотрите также:
