Таб I.1


Таб I.1 dna_b Параметры, используемые в различных моделях гибкости ДНК
I. Модель тримеров
(а) Модель нуклеосомного позиционирования (Satchwell, Drew & Travers)

Tilt=00; Twist =34,30 (10,5 пар оснований/виток)

Roll: 2-е основание G A
3-е основание A G C T A G C T
1-е основание A 3.30 5.40 7.50 5.80 0.00 5.20 3.70 0.70
G 3.80 6.00 10.00 5.40 3.00 5.40 5.40 5.30
C 8.30 4.70 7.50 5.40 3.30 4.20 6.50 6.70
T 5.40 5.40 6.00 5.20 2.00 2.20 3.70 2.80
II. Димерные модели
Тип динуклеотида пурин-пурин пурин-пиримидин пиримидин-пурин
динуклеотид AA GA AG GG AT AC GC TA CA CG
(б) Calladine, Drew & McCall Model
roll 00 3.30 3.30 3.30 3.30 3.30 3.30 6.60 3.30 3.30
tilt 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
twist 350 340 340 340 340 340 340 340 340 340
(в) Bolshoi, McNamara, Harringtton & Trifonov Model
roll -6.50 -2.70 8.40 1.20 2.60 -0.90 -0.50 0.90 1.60 6.70
tilt 3.20 -4.60 -0.30 -1.80 00 -0.70 00 00 3.10 00
twist 35.620 36.900 27.700 33.670 31.500 34.400 40.000 36.000 34.500 29.800
(г) Caccione, De Santis, Foti,  Palleschi & Savino Model
roll -5.40 2.00 1.00 1.30 -7.30 -2.40 -3.70 8.00 6.70 4.60
tilt -0.50 -1.70 -1.60 -0.60 00 -2.70 00 00 0.40 00
twist 35.90 35.80 35.60 33.00 35.00 34.60 33.30 34.60 34.50 33.70
(д) Koo & Crothers Model
roll 00 5.80 00 00 00 00 00 11.60 5.80 00
tilt 00 -9.60 12.00 00 00 12.00 00 00 -9.60 00
twist 34.30 34.30 34.30 34.30 34.30 34.30 34.30 34.30 34.30 34.30

Смотрите также:

  • РАСЧЕТНЫЕ МОДЕЛИ КРИВИЗНЫ ДНК