Анализ распределения мутаций по последовательности
В работе Топала с соавт. ( Topal et al., 1986 ) исследовались мутации , индуцированные О6-метилгуанином. Этот мутаген вызывает A:T -> G:C замены. Получена 151 мутация, распределенные по 81 потенциальной позиции мутирования (соответствующих аденинам ) таким образом, что 36% позиций оказались незанятими мутациями. Для анализа распределения мутаций по потенциальным позициям мутирования использовался следующий подход. Распределение мутаций по всем аденинам в последовательности оценивалось исходя из распределения Пуассона. Среднее количество мутаций в позициях типа равно m. Оно рассчитывалось исходя из формулы
m = (j+1)(Nj+1 /N j), (1.2)
где N jи Nj +1- число позиций в которых произошло j и j+1 мутаций, соответственно. Для группы позиций, в которых произошло j мутаций , рассчитывается ожидаемое число таких позиций в последовательности по формуле
R(j)=S*(mj /j!)*e-j , (1.3) где S# m = (j+1)(N j+1/N j), (1.3)
где N j и N j+1- число позиций в которых произошло j и j+1 мутаций, соответственно.
Оказалось, что в соответствии с распределением Пуассона ожидается около 5 позиций (аденинов), в которых отсутствовали мутации. Реально наблюдается 29 таких позиций. Авторы (Topal et al., 1986) считают, что такая разница может быть связана с особенностями контекста , которые могут резко уменьшать частоту мутирования в определенных участках последовательности. Для анализа этой гипотезы в работе (Topal et al., 1986) проводилось описанное ниже построение консенсуса сайтов позиций, в которых мутации отсутствовали.
Смотрите также:
