ФКУ, гаплотипы
Исследование гена фенилаланингидроксилазы человека с по- мощью ряда рестриктаз Pvu ll, Bgl ll, Xmn l, Msp l, Hind lll, EcoR V, EcoR l + Bam Hl позволило выявить полиморфизм длины рест- рикционных фрагментов (ПДРФ или RFLP). Сочетание аллельных вари- антов полиморфных учаcтков гена по восьми из них выявило первона- чально в данном гена более 40 гаплотипов ( Chakraborty R.,1987 ; Woo S.L.C.,1988 ; Daiger S.P.,1989a ; Daiger S.P.,1989b ). Дан- ные гаплотипы представлены в таблице 2. ( Таблица 2 ) Однако, су- ществование семи диморфных и одного триморфного (Hind lll) аллелей ]гена ФАГ теоретически допускает существование 384 возможных гапло- типов (27 х 3).
В последние годы развитие метода полимеразной цепной реак- ции амплификации (ПЦР или PCR) позволило локализовать пять из восьми полиморфных рестрикционных сайтов, используемых для опре- деления ПДРФ гаплотипов гена ФАГ.
Полиморфизм по сайту Pvu ll (CAG/CTG) позволяет идентифи- цировать два полиморных аллеля по длине: 19 kb(-) (E1) или 6 kb(-) (E2). С помощью ПЦР было показано, что амплифицированный фрагмент размером 374 bp, включающий данную область, при наличии сайта рестрикции Pvu ll выявляет два фрагмента размером 225 bp и 149 bp. Полиморфный сайт Pvu ll локализован во втором интроне гена ФАГ на расстоянии 1,4 kb от 3'конца второго экзона ( Dworniczak B.,1991c ).
Полиморфизм по сайту Bgl ll (A/GATCT) позволяет идентифи- цировать два полиморфных аллеля по длине 3,6 kb (-) (D1) или 1,7 kb(-) (D2). Амплифицированный фрагмент размером 290 bp, вклю- чающий данную область, при наличии сайта рестрикции Bgl ll обна- руживает два фрагмента размером 209 bp и 81 bp. Полиморфный сайт Bgl ll локализован на расстоянии 55 bp от 3'конца экзона 1 ( Dworniczak B.,1991d ).
Полиморфизм по сайту Msp l (C/CGG) обнаруживает два поли- морфных аллеля по длине 23 kb (-) (A1) или 19 kb и 4 kb (+) (A2). Амплифицированный фрагмент размером 425 bp, включающий данную об- ласть, при наличии сайта рестрикции Mspl дает два фрагмента разме- ром 300 bp и 25 bp. Сайт Msp l локализован на расстоянии 268 bp от 5' конца экзона 8 ( Wedemeyer N.,1991 ).
Полиморфный участок Xmn l (GAANN/NNTTC) выявляет два полиморфных аллеля по длине размером 9,4 kb (-) (A1) или 6,5 kb (+) (A2). Амплифицированный фрагмент размером 205 bp, вклю- чающий данную область, при наличии сайта рестрикции Xmnl различа- ет два фрагмента размером 110 bp и 95 bp ( Goltsov A.A.,1992a ). Локализация участка не выявлена.
Полиморфный участок Hind lll позволяет идентифицировать три аллельных фрагмента по длине размером - 4,0 kb; 4,2 kb; 4,4 kb. С помощью ПЦР анализ амплифицированного фрагмента, содержащего данную область, выявил наличие AT-богатой (70%) минисателлитной области, содержащую VNTR. Данная область содержит различное число тандемных повторов из 30 пар оснований и локализована на расстоя- нии 3 kb от 3' конца последнего экзона гена ФАГ. Полиморфная ал- лель Hind lll размером 4,0 kb содержит 3 повтора, полиморфная аллель Hind lll размером 4,4 kb содержит 12 повторов, а полиморф- ная аллель Hind lll размером 4,2 kb может содержать 6, 7, 8 или 9 копий повторов ( Goltsov A.A.,1992b ). Таким образом, анализ данной области показал наличие шести аллелей, каждая из которых может содержать 3, 6, 7, 8, 9 или 12 копий тандемных повторов.
В связи с этим количество теоретически возможных вариан- тов гаплотипов составляет величину 768 (27 х 6). Так как допол- нительные VNTR аллели представляют собой варианты трех ранее опи- санных Hind lll аллелей, авторы включают VNTR аллели в ранее опи- санную систему гаплотипов, как варианты RFLP гаплотипов ( Eisensmith R.C.,1992b ). Сводные данные по 71 гаплотипу пред- ставлены в таблице 3. ( Таблица 3 ) В этой таблице в строке с ука- занием номера гаплотипа после точки стоит цифра, указывающая коли- чество копий VNTR.
Смотрите также:
