B-форма ДНК (B form of DNA)
B-форма ДНК (B form of DNA) — одно из трех основных конформационных состояний двухцепочечной ДНК (А, В- и Z-ДНК), в которой 2 нити спирали образуют правозакрученную спиральную структуру с диаметром 20 ангстрем. В-ДНК наиболее часто встречается in vivo и характеризуется наличием большой и малой бороздок; в В-ДНК число пар оснований на 1 виток равно 10,5, а расстояние между парами оснований — 0,34 нм.
В-ДНК и родственные ей C-ДНК , D-ДНК и T-ДНК принадлежат В-семейству двойных спиралей. В B-форме, как и в А-форме, спираль ДНК, как говорилось выше, является правой. У этого семейства фуранозные кольца имеют конформацию С2'-эндо (или близкую ей С3'-экзо), расстояние между соседними фосфатами увеличивается до 7 А, а угол, описывающий вращение вокруг гликозидной связи С1'-N, оказывается в диапазоне приблизительно в 90-120 град.
В В-форме ДНК на виток спирали приходится около 10 пар оснований и расстояние между нуклеотидами вдоль оси спирали составляет от 3,3 до 3,4 А, поэтому у оснований наблюдается лишь небольшой отрицательный наклон приблизительно в 6 град. Эти характеристики и определяют макроскопическую структуру В-ДНК, представленную на Рис. B-ДНК .
Пары оснований расположены на оси спирали (смещение от оси около -0,2 А). Так как ось спирали проходит через пары, поэтому в В-ДНК желобки менее выражены, чем в A-ДНК . Их глубина примерно одинакова, но ширина различается (см. ниже Таблицу): минорный желобок узкий, а главный желобок - широкий и открытый.
В Таблице даны параметры спирали В-ДНК, полученные из данных по рентгеновской дифракции на волокнах природных ДНК со "случайной" последовательностью и на волокнах синтетических гомополимеров и полинуклеотидов с повторяющейся нуклеотидной последовательностью ( Зенгер В., 1987 ).
Таблица
| Тип структуры | Шаг, А | Расстояние между остатками, А | Угол спирального вращения,град. |
| |||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Природные и синтетические ДНК В Синтетические ДНК с неслучайной последовательностью В' | 33,8 32,9 | 3,38 3,29 | 36,0 36,0 | 5,7 | 11,7 | 7,5 | 8,5 |
| Полинуклеотид. Нативная ДНК | Противоион | *** | Форма | Ссылка, |
|---|---|---|---|---|
| Na | 92 | В | [Langridge R. ea, 1960] | |
| Li | 66 | В | [Leslie A.G.W. ea, 1980] | |
| Poly(dA)*poly(dT) | Na | 70 | beta-B' | [Arnott S. and Hukins D.W.L., 1972] |
| Poly(dA)*poly(dT) | Na | 92 | alfa-B' | [Arnott S. and Hukins D.W.L., 1972] |
| Poly(dG)*poly(dC) | Na | 92 | B | [Arnott S. and Selsing E., 1974] |
| Poly(dA-dT)*poly(dA-dT) | Li | 66 | B | [Davies D.R. and Baldwin R.L., 1963] |
| Poly(dA-dC)*poly(dG-dT) | Na | 66-92 | B | [Leslie A.G.W. ea, 1980] |
| Poly(dA-dG)*poly(dC-dT) | Na | 95 | B | [Leslie A.G.W. ea, 1980] |
| Poly(dG-dC)*poly(dG-dC) | Li | 81 | [Leslie A.G.W. ea, 1980] | |
| Poly(dA-dA-dT)*poly(dA- -dT-dT) | Na | 92 | B | [Selsing E. ea, 1975] |
| Poly(dA-dG-dT)*poly(dA- -dC-dT) | Li | 98 | B | [Leslie A.G.W. ea, 1980] |
*** - Относительная влажность, %
Смотрите также:
