Транскрипции регуляция: РНК-полимеразой II

Молекулярные механизмы, с помощью которых элементы промотора регулируют транскрипцию , еще не выяснены, но несомненно, что активность промоторных элементов обусловлена связыванием с определенными белковыми факторами , обеспечивающими точную и эффективную транскрипцию генов РНК-полимеразой II . Выделены разные белки, взаимодействующие с разными участками промотора, содержащими TATA , CCAAT или " GC-мотив ". По-видимому, существует несколько белков, способных связываться с "мотивом CCAAT" , среди них - гетеродимер, состоящий из разных субъединиц. Белок, узнающий "GC-мотив" , связывается с участком ДНК, включающим 18-20 п.н., в центре которого находится GC-элемент.

Эффективность промотора, по-крайней мере частично, определяется эффективностью отдельного элемента ("мотива") в составе промотора, числом этих элементов и их взаимным расположением. Эти элементы , вероятно, функционируют в зависимости от ближайшего нуклеотидного окружения.

Замены близлежащих нуклеотидов могут сильно сказываться на эффективности действия элемента. Так, например, замены выделенных строчными буквами нуклеотидов в окружении "GC-мотива" (GGgGCGGgGC) могут снижать активность промотора, тогда как замена первого G на T вполне допустима. Если область промотора содержит как GC, так и CAAT-элементы, то разные белковые факторы транскрипции, взаимодействующие с ними могут согласованно активировать транскрипцию.