Определение последовательности генома вируса гриппа A/H5N1
Определение полной последовательности генома вируса гриппа A/H5N1. Для вируса птичьего гриппа A/H5N1 работа сводилась к выбору оптимальных праймеров, исходя из удобства получения фрагментов ПЦР и их дальнейшего секвенирования, не забывая, однако, что возможно появление в будущем еще нескольких близких штаммов, для которых эти праймеры могут быть использованы.
Геном вируса гриппа состоит из 8 сегментов РНК негативной полярности , размером от 850 до 2300 н.о. Для сегментов длиной до 1700 н.о. была выбрана стратегия получения одного фрагмента ПЦР и его дальнейшее секвенирование с концов, что при длине аппаратного секвенирования 800-900 п.н. позволяло определить всю нуклеотидную последовательность фрагмента ПЦР. Для фрагментов большей длины (полимеразные гены PB1 , PB2 , PA ) была использована схема из двух перекрывающихся фрагментов ПЦР длиной около 1500 н.о. Дополнительным удобством при работе явился известный факт, что все сегменты генома всех вариантов вируса гриппа имеют на концах идентичные последовательности (порядка 10 н.о.). Это позволило подобрать универсальные концевые праймеры и использовать их в паре со специфичными для каждого сегмента в целях получения концевых фрагментов ПЦР. Стратегия амплификации изображена на рис. 2.54 .
Смотрите также:
