U2 мяРНК
Вариации по размерам U2 являются несомненно наибольшими из всех сплайсосомальных мяРНК и лежат в пределах от 148 (для трипаносом) и 1175 (S. cerivisiae) ( см. таб ) и превышают по крайней мере в два раза разницу в длине для rRNA. Консенсусная вторичная структура показана на рисунке . Молекула разделена на 4 домена стебель/петля (I-IV), одноцепочечне районы, разделяющие стебель I от стебля II и стебель II от стебля III . Хотя третья структура стебель/петля высоко консервативна по длине (около 10 н-ов) и по последовательности петли (CUUG) у насекомых, растений и млекопитающих, она полностью и точно делетирована у трипаносом.
Из филогенетически постоянных участков U2 первый (около 80 н-ов) проявляет значительную гомологию (85%). Все U2 мяРНК начинаются с короткого (6-7 н-ов) одноцепочечного участка за которым следует структура стебель/петля I ( см.рис ). Нижние 3 нуклеотида стебля I абсолютно инвариантны; 2 из 4 нуклеотидов в верхней части (Ib) также инвариантны. На вершине стебля I есть 4-ех нуклеотидная петля , содержащая 3 или 4 урациловых основания.
За этим участком следует длинный, возможно одно-цепочечный район, в котором нуклеотиды 33-39 взаимодействуют с сайтом TACTAAC интронов дрожжей ( Parker R., 1987 ). Уотсон-Криковское связывание генетически протестировано для двух позиций (нуклеотиды 36 и 37). В системе млекопитающих деградация этого участка РНКазой Н не блокирует связывание U2 мяРНП с субстратом, но приводит к прекращению образования лариата ( Kramer A., 1987 , Frendewey D., 1987 ). Значит, такое спаривание участвует в сплайсинге, но на более поздних этапах.
За последовательностью GUAGUA следует абсолютно инвариантный пиримидин- богатый гептануклеотид ( см. таб ), функции которого в настоящее время неизвестны.
Все U2 мяРНК заканчиваютя структурой стебель/петля IV . Она вариабельна по длине (10-16 нуклеотидов) и прерывается единственной внутренней петлей неизвестной длины. Наиболле консервативным участком этой структуры является концевая петля (Loop IV).
Смотрите также:
