Иммунопреципитация хроматина (chromatin immunoprecipitation, ChIP)
Иммунопреципитация хроматина (chromatin immunoprecipitation, ChIP) [лат. immunis — свободный, избавленный от чего-либо и praecipitatio — сбрасывание, стремительное падение; греч. chroma (chromatos) — цвет и лат. -in(e) — суффикс, обозначающий «подобный»] — метод анализа структуры хроматина (см. Хроматин) и регуляции транскрипции генов, состоящий из ряда последовательных процедур: «сшивка» белков хроматина с ДНК (обычно с помощью формальдегида), фрагментирование ДНК (чаще всего с помощью ультразвука), осаждение фрагментов ДНК-белок специфическими антителами (см. Преципитация) и последующий анализ осажденных фрагментов ДНК. Существует несколько модификаций И.х., часто его сочетают с анализом ДНК на микрочипах. Все варианты И.х. позволяют исследовать участки генома, взаимодействующие in vivo с определенными белками.
Иммунопреципитацию хроматина - мощный метод для анализа того, какие белки связываются с определенными нуклеотидными последовательностями ДНК in vivo - исследователи начали использовать в начале 1990-х годов. Метод включает создание поперечных сшивок в белках, связанных с ДНК, с помощью таких проникающих в клетку химических реагентов, как формальдегид, и последующую обработку ультразвуком для разрушения комплексов ДНК:белок до более мелких фрагментов. Интересующие исследователя комплексы ДНК:белок затем подвергаются иммунопреципитации с использованием специфических антител в качестве зонда. Затем поперечные сшивки ликвидируются, чтобы изолировать и идентифицировать нуклеотидные последовательности ДНК, ассоциированные с белком, который связался с антителом; при этом для анализа используется либо радиоактивно меченые ДНК-зонды, либо ПЦР.
p53: ацетилирование и связывание с
ДНК
Смотрите также:
