электрофорез одномерный
Одномерный гель-электрофорез - метод, позволяющий разделять молекулы ДНК по их подвижности в геле. Он основан на очень высокой чувствительности электрофоретической подвижности ДНК к небольшим изменениям ее конформационных характеристик. При соответствующем выборе условий опыта разрешающая способность гель-электрофореза столь высока, что молекулы, отличающиеся по тау на единицу, дают на электрофореграмме отдельные полосы. Если в препарате кольцевой замкнутой ДНК имеется набор всевозможных топоизомеров с числом сверхвитков от 0 до максимального для данного препарата значения тау, и все они хорошо разрешаются по подвижности, можно определить значение тау, отвечающее каждой отдельной полосе. Нетрудно найти и относительное содержание молекул в каждой полосе, просканировав гель, и на основании этих данных определить среднее значение тау. При этом полоса, отвечающая тау приблизительно равному 0, имеет минимальную подвижность и может быть идентифицирована по сопоставлению с полосой открытой кольцевой формы. Следует иметь в виду, что подвижность топоизомеров определяется лишь абсолютным значением тау, и поэтому присутствие в препарате топоизомеров с положительными сверхвитками может осложнить интерпретацию электрофореграммы.
Существенным препятствием для использования метода является насыщение роста подвижности молекул с увеличением числа сверхвитков, причем это насыщение происходит тем раньше, чем больше длина кольцевой замкнутой ДНК (для ДНК, содержащей 4000 пар оснований, это происходит для топоизомеров с тау больше или равно 15).
С помощью метода гель-электрофореза можно разделять кольцевые молекулы ДНК, отличающиеся по типу образуемых ими узлов и зацеплений. При этом необходимо предварительное внесение в кольцевую замкнутую форму ДНК однонитевых разрывов. Внесение таких разрывов приводит к тому, что разные молекулы могут отличаться друг от друга лишь по типу узлов или зацеплений, образуемых осью двойной спирали, но не по порядку зацепления Lk , и, соответственно, лишь по типу узлов или зацеплений разделяться на форезе.
Смотрите также:
